Die Freundschaft zwischen Sakurako und Shoutarou ist in den letzten Monaten gewachsen, auch wenn sie weiterhin Geheimnisse vor ihm hat. So verschweigt sie, dass sie einst Schülerin an seiner Schule war und dort ihr erstes Präparat angefertigt hat – unter Anleitung eines längst verstorbenen Lehrers, dessen Knochensammlung Sakurako unbedingt katalogisieren will. Als Shoutarou bei dieser Arbeit auf menschliche Knochen stößt, dämmert ihm allmählich, dass Sakurako seinem Biologielehrer Herrn Isozaki damit nicht nur einen Gefallen erweisen wollte. Beeindruckt von ihrem Scharfsinn bei der Lösung des Rätsels wendet sich der Lehrer wieder an sie, als eine ehemalige Schülerin verschwindet. Nicht nur für Isozaki beginnt damit ein wahrer Alptraum …

Alles andere als knöchern ist der Anime Beautiful Bones – Sakurako’s Investigation vom Studio Troyca, der – halb Mystery, halb Krimi – mit jeder Episode neue Rätsel aufgibt.